根据防水功能要求，屋顶防水层要在各种不同环境、不同条件下工作，承受各种力学、物理、化学的损害，因此，其工作条件十分复杂严酷。
1、大气作用影响：屋顶防水层常常是外露的，直接受大气、冻融交替、热胀冷缩、干湿变化的影响、还受到阳光，紫外线、臭氧的作用，以及风霜雨雪的冲刷和风化等，这些因素对防水层破坏是很严重的。
2、结构变形影响：因防水层以结构层为基底，依附于结构层，故结构变形会引起防水层的变形。如结构的不均匀沉降，结构的受力变形、热胀冷缩、湿胀干缩变形和混凝土徐变等造成的裂缝，可能会导致相应位置防水层的变形开裂，尤其在防水层耐用年限后期，防水材料已逐渐老化变脆，防水层更易被拉裂。
3、屋顶其他构造层次的影响：屋顶的保温、找平、保护等层次，若处理不当或质量低劣，则会直接影响到防水层的质量。
4、外力的损害：防水层在施工或使用阶段均有可能受到外力或人为的损害，而造成破坏。
5、高应力状态下老化破坏：因结构变形、温差作用和施工时用力拉伸防水卷材或涂膜胎体，使防水层常年处于高应力状态下，大大加速了防水层的老化，可导致提前损坏。
6、疲劳破坏：结构受外力作用，尤其是温度变化明显和振动频繁的建筑物，它随时在运动变化着，因此防水层也在承受伸缩变化，这样反复疲劳作用，对防水层损害很大。
7、化学介质侵蚀：随着近些年环境污染日逐严重，防水层会受到酸雨等有害化学介质的侵蚀而发生损坏。
8、霉菌及生物损害：在屋顶低洼积水处易产生霉菌，它们吞噬防水材料及胎体纤维，破坏防水层。另外，因屋顶长期无人清理，杂草丛生，甚至长出灌木，其根系穿透柔性防水层，致使屋顶发生渗漏。